Esta provavelmente não é a resposta que você quer ouvir, mas eu reinstalaria seus programas manualmente. Como você disse, seu sistema foi comprometido. As chances são de que permitir que qualquer ferramenta automatizada copie as coisas do seu antigo para o novo PC trará um pouco da bagunça junto com ele.
Se você usar a ferramenta de backup do Windows 7 apenas para fazer backup de seus documentos e arquivos (e não de programas ou configurações), talvez tenha mais sucesso ... Mas, a partir daí, é melhor copiar tudo manualmente. / p>
Além disso, você tentou restaurar o backup com falha? Se você tiver sorte, pode ter caído depois de terminar, e você pode ter um backup de trabalho depois de tudo.