Eu nunca fiz isso de dentro do Windows, então não tenho certeza se ele funcionará, mas não vejo por que não ... normalmente é feito no Windows PE. Se você quiser estar seguro, deve inicializar o computador com o disco de instalação e usar as opções de reparo para obter um prompt de comando.
Usuário Executar como Administrador no prompt de comando com este up execute DISKPART
Em seguida, execute list disk
para obter uma lista de suas unidades atuais depois que executar select disk X
replace X com o número da unidade na qual sua partição do sistema está.
Em seguida, list partition
e select partition X
, onde X é a partição de 200 MB que, presumo, você criou para essa finalidade. Se for para algo mais, você precisará criar um e sugiro usar a GUI, pois é muito mais fácil.
Com a partição do sistema selecionada, execute format fs=ntfs label="System"
& assign letter=S
& active
e, por último, exit
Agora você tem uma partição do sistema que precisa dos dados corretos colocados nela, então execute C:\windows\system32\bcdboot C:\windows
e isso copiará os arquivos do ambiente de inicialização.