Acho que você ativou o estilo de cópia do Total Commander. Isso copia cada arquivo um por um, este é um recurso muito útil se alguns arquivos já existirem. O Windows (pelo menos até o XP) permite que você substitua ou cancele a cópia inteira de uma só vez. TC permite que você pule / sobrescreva por arquivo.
Você pode desativar este estilo de cópia na página Opções