Pode haver um daemon NTP em execução, que ajustará gradualmente a hora do sistema para a hora mundial. Tanto quanto eu sei, a hora do sistema é gravada no relógio do hardware apenas no desligamento.
Eu tenho um problema bizarro, que é o relógio do sistema sempre roda muito mais rápido que o clock do hardware. Por exemplo, eu configurei o clock do sistema e o clock do hardware para 20: 00. Após cerca de 15 minutos depois, o relógio do sistema provavelmente será executado em 20: 17, enquanto o relógio do hardware permanece correto, ou seja, 20: 15.
Pode haver um daemon NTP em execução, que ajustará gradualmente a hora do sistema para a hora mundial. Tanto quanto eu sei, a hora do sistema é gravada no relógio do hardware apenas no desligamento.
Se você está falando sobre um sistema linux, instale o comando / package "adjtimex" (no Ubuntu, é chamado assim). O comando adjtimex dá acesso às variáveis de tempo do kernel e fornece mais dicas sobre a situação ou o problema em seu sistema.
Você também pode dar uma olhada na manpage "hwclock", que discute várias coisas que podem levá-lo à direção correta.
Sua bateria CMOS pode estar acabando; tente substituí-lo.