Se você desconectar seu computador, será o mesmo de quando desativá-lo ou simplesmente redefini-lo. Em sistemas de arquivos modernos, como o NTFS, isso não deve causar problemas. O NTFS é chamado de sistema de arquivos de registro no diário, o que significa que, ao desassociar incorretamente a unidade (por exemplo, se você desligar o computador ou o sistema operacional falhar inesperadamente), ele será restaurado em um local estável ao iniciar o sistema operacional novamente. O arquivo que você estava copiando pode não estar completo, mas nenhum dado além dele deve ser perdido.
Em sistemas de arquivos mais antigos e sem journaling, como o FAT, o sistema operacional não pode reparar o sistema de arquivos automaticamente. É por isso que você teve que executar o Scandisk quando o Win98 caiu. O problema usual aqui é que alguns dados são gravados no disco, mas esses dados não pertencem a nenhum arquivo, mas ainda alocam espaço no disco.