Você precisa começar com um computador que seja nominalmente idêntico (mesma placa-mãe e processador, a mesma especificação de discos, etc.). Em seguida, execute algumas ferramentas de benchmarking com o mesmo sistema operacional compilado em cada uma.
Se os números forem significativamente diferentes (mais do que 5% a 10%), então você sabe que há algo estranho em seu computador. Isso poderia ser qualquer coisa, desde uma conexão ruim em um cabo, até um resfriamento ruim, uma fonte de alimentação problemática ... Você realmente precisaria substituir as coisas uma por vez (ou trocá-las por algo semelhante de outro sistema) para descobrir a falha.
Se você não conseguir encontrar algo idêntico, troque as coisas uma de cada vez (comece com as coisas que você tem para entregar e saiba que sabe ).
Se você ainda não o fez, verifique se todas as configurações da BIOS, especialmente as configurações de RAM, estão corretas. Verifique também coisas como sensores térmicos para garantir que o seu sistema não esteja sendo afogado por causa do calor.