Geralmente não há como inicializar diretamente a partir da partição de recuperação, é para isso que servem os discos de reparo do sistema. Dependendo do sistema, a partição de recuperação pode ou não ser essencial para o reparo de problemas (assim, se você perder o HD, poderá ser parafusado).
Pessoalmente, tomo a tática alternativa de fazer uma imagem completa (eu inicializo o linux de um CD e uso um disco rígido externo para gravar a imagem). Dessa forma, posso sempre voltar ao estado de fábrica, mesmo que o disco rígido morra ou o que for.