Do meu entendimento do IMAP vs POP3, quando você acessa sua conta de e-mail com IMAP, é como acessar seu e-mail através de uma interface web - você só tem acesso a seus e-mails para não ter que baixá-los POP3, se você iniciasse um novo cliente de e-mail com POP3, ele começaria a baixar todos os e-mails que você ainda tinha no servidor de e-mail (que podem ser milhares).
Com o POP3, você faz o download de todos os e-mails e eles são armazenados localmente em sua máquina. No seu caso, as pastas que você configurou são apenas locais em sua máquina. Se você se conectasse ao gmail através do imap, não haveria pastas diferentes (ou caixas de entrada, se preferir), a menos que você criasse as caixas de entrada on-line.