Isso deve trocá-los:
xmodmap -e 'keysym Delete = Menu' -e 'keysym Menu = Delete'
Coloque essa linha em qualquer script que tenha sido originado pelo Ubuntu (ou melhor, pelo Gnome) quando você efetuar login. (Eu tenho certeza que existe um script assim, apenas não sei o que é - eu sou um usuário do KDE )