Quando você desmarca um item listado no msconfig, o item não desaparece. É até mesmo possível desmarcar um programa, desinstalar esse programa e ainda fazê-lo aparecer no msconfig como desmarcado.
Isso acontece porque o msconfig realmente não exclui itens da lista, apenas os move no registro.
A lista de itens marcados é preenchida nesses locais de registro
- HKEY_LOCAL_MACHINE \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run
- HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Run
- NT \ CurrentVersion \ Windows HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows (Valores denominados Executar & Carregar)
E a lista de itens não verificados é preenchida em
- Ferramentas \ MSConfig \ startupreg de HKEY_LOCAL_MACHINE \ Software \ Microsoft \ Shared
- HKEY_LOCAL_MACHINE \ Software \ Microsoft \ Ferramentas compartilhadas \ MSConfig \ startupfolder
Então, quando você desativa um item de inicialização do msconfig, ele move a entrada de um dos três principais locais para um dos dois menores.