Você pode definir seu tipo de inicialização como manual no services.msc. Desta forma, não será iniciado automaticamente, a menos que seja necessário. Você pode criar arquivos em lote para iniciar e parar o serviço com bastante facilidade também. Basta obter o nome do serviço em services.msc, conforme mostrado aqui:
Agorauseessenomeemarquivosemlote.
Seustart.bat:
netstart"mysql"
E no seu stop.bat:
net stop "mysql"