Em teoria, eu diria " Leia antes de clicar " e, se suspeito, consulte seu administrador local (sim, ele gera mais ruído para o administrador ruim, mas ainda menos do que consertar depois de um problema).
Mas sabemos que um pop-up parece, na maioria das vezes, indesejado, e as pessoas não querem ler mensagens indesejadas, querem apenas se livrar dele para continuar o que estão fazendo.
Quanto ao popup em si, tal tentativa deve ser detectada pelo antivírus local. Se não é, como você explicou, não há muito a ser feito, porque nada os obriga realmente a respeitar o "ele concordou com isso, ele não acabou de fechar". Se um spyware quiser instalar, ele não pedirá permissão.