Tente instalar o gerenciador pulseaudio e alterar a configuração da sua placa de som para o valor desejado:
sudo apt-get install pavucontrol
Se isso não funcionar, talvez você queira tentar desativar todos os outros dispositivos de áudio (placas onboard ou gráficas, já que o hdmi agora inclui som, a maioria das placas gráficas agora também está registrada como dispositivos de áudio). Se bem me lembro, o Ubuntu teve alguns problemas em reconhecer vários dispositivos de áudio e, portanto, quebrou algumas configurações.