Geralmente, para remover ou configurar esses ícones de bandeja, você precisará abrir o próprio aplicativo e configurar a opção "mostrar na bandeja do sistema", se houver um.
Eles estão no registro ou em alguma pasta?
Os aplicativos decidem se devem colocar um ícone na Bandeja do Sistema, como será a aparência e seus recursos quando receber um evento (clique do mouse).
A bandeja do sistema é apenas uma janela de "contêiner" para ícones (para torná-lo curto). Não há nada no Registro nem uma pasta que contenha ou descreva o que a Bandeja do Sistema contém em um horário específico.
No máximo, os arquivos Registry ou .ini podem conter configurações específicas de aplicativos, alguns deles direcionando seu comportamento em relação ao ícone da bandeja do sistema.
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