Não - isso infelizmente não é possível.
E é duvidoso que isso seja possível.
Para isso, exatamente o mesmo software com exatamente as mesmas configurações e os mesmos arquivos precisariam ser executados em ambas as máquinas, e alguma forma de passar as configurações de arquivo e janela abertas entre eles precisaria existir.
O mais próximo que existirá está planejado para o Synergy v2, que está arrastando e soltando arquivos entre clientes ou clientes e servidor.