O comando que você está procurando é
VBoxManage startvm "VirtualMachineName"
Isso supõe que o software está instalado e suas máquinas virtuais estão no diretório correto.
Para começar a inicialização, você poderia fazer algo como um script init.d. Você pode fazer isso copiando um dos existentes, editando-o ao seu gosto (você também pode querer adicionar uma função de parada / desligamento para desligar a VM antes de desligar a máquina host) e, em seguida, registrá-la no sistema operacional. usando o comando
update-rc.d VMControl defaults
Isto assume que seu arquivo está localizado em /etc/init.d/VMControl, e você o tornou executável (chmod 775 ./VMControl).
Espero que ajude.