Total Commander não é gratuito, mas pode ser avaliado por alguns momentos.
Você pode comparar arquivos locais com arquivos armazenados em um site FTP. O recurso "Sincronizar Dirs" é ótimo, comparando os diretórios recursivamente. Para arquivos com diferenças, você pode comparar facilmente o conteúdo deles (se eles forem baseados em texto).
Como explicado em esta revisão :
Another useful feature is
synchronization of the contents of two
directories (or directory trees). Try
it and you'll ever use the
brain-damaged Microsoft Briefcase
again. Even better: one of these
directories can be on the remote FTP
server; this is lifesaver for these of
us who keep developing their Web sites
on their PCs, and need to move the
updated files to the server, while
purging the "stale" ones from it.