Acho que isso é um problema difícil para o Windows, porque mesmo que você faça o backup de toda a pasta "Documentos e configurações", algum programa ainda não verá a configuração antiga.
Para o Linux, faça backup da pasta home
, incluindo todas as pastas .confxxx
.
Se a sua distro estiver usando um sistema de gerenciamento de pacotes qualificado, você poderá salvar os nomes dos pacotes instalados em um arquivo de texto e reinstalar tudo de acordo com isso quando mudar para uma nova máquina ou precisar reinstalar o sistema operacional.
Com o backup adequado das coisas /home
e /etc
, consegui recuperar quase exatamente tudo em uma nova máquina em 1 hora.