O FFmpeg tratará imagens anexadas, como imagens de capas, como fluxos regulares, e seu MP3 muxer assume como padrão a taxa de quadros constante, o que leva à duplicação de quadros. A solução é alterar o método de sincronização de vídeo para repasse, por isso
for file in *.flac; do \
ffmpeg -i $file \
-vsync 0 -codec:a libmp3lame -qscale:a 6 \
"${file%.*}.mp3"; \
done