Você não é o proprietário do arquivo, portanto, não é possível alterar sua propriedade ou grupo.
Colocar um arquivo em seu .Trash
significa que o nautilus tentará alterar sua propriedade e seu grupo para uid e gid de seu usuário.
Por fim, acredito que seja um bug e deve ser relatado.
Editar:
Não consigo reproduzir isso, pois recriou exatamente as mesmas condições (mesmo usuário: group e perms) e decidiu que isso NÃO é um bug, mas comportamento normal .
Supondo que você tenha propriedade como samba
, acho que o arquivo está localizado em um armazenamento remoto e movendo itens em um armazenamento remoto (como um compartilhamento do Windows ) para lixo local não faz sentido.