Eu já tenho o PHP 5.5.9 com o Apache2 no Ubuntu 14.04.1. LTS e apenas agora instalado PHP 5.6 de Instalando o PHP 5.6 no Xenial (16.04)
Agora eu tenho versões 5.5.9, 5.6 e 7.0.
No Virtualmin eu configurei a versão PHP 5.6 para o meu site e está mostrando Internal Server Error.
Aqui estão as configurações do Virtualmin .
Claramente a versão 5.6 não possui muitos módulos como o cgi-fcgi.
No log de erros, vejo esses erros:
[Tue May 16 13:30:27.477892 2017] [fcgid:warn] [pid 14640] (104)Connection reset by peer: [client 103.47.172.98:59204] mod_fcgid: error reading data from FastCGI server
[Tue May 16 13:30:27.477948 2017] [core:error] [pid 14640] [client 103.47.172.98:59204] End of script output before headers: index.php
O que eu preciso fazer para ativar o PHP com o fcgid?
O mais provável é que a opção mais simples seja reinstalar o php e obter a versão mais recente, bem como possivelmente desinstalar e reinstalar o servidor Apache2, pois às vezes a atualização não funcionará como planejado e pode atrapalhar o software interconectado.
E depois de olhar para ele novamente, parece que você também teve uma instalação ruim, então reinstale o servidor LAMP (acho que é isso que você está usando).