Já vi um problema parecido com isso antes e acho que tem a ver com o arquivo que você excluiu com alterações que precisavam ser aplicadas antes que sua exclusão pudesse acontecer.
O cliente SVN deve ser mais inteligente e apenas ignorar as alterações, mas aparentemente não é.
Para corrigir, tive que:
- Restaurar o (s) arquivo (s) relevante (s)
- Executar a atualização
- Lide com conflitos, se houver
- Excluir novamente o arquivo
- Atualizar / confirmar