Verifique as propriedades das pastas, se o conteúdo desaparecer quando a unidade for removida, você pode ter feito algum tipo de atalho ou link físico / simbólico.
Eu tinha uma pasta chamada Downloads na pasta do usuário (C: \ Users \ User). Não sei exatamente o que fiz, mas basicamente tentei mover ou copiar a pasta para uma unidade externa. Mas a pasta estava lá no mesmo diretório. Depois que eu desconectei a unidade externa, a pasta desapareceu. Depois de pânico, palavrões e lágrimas (ainda não tinha relacionado com a unidade externa), criei outra pasta com o mesmo nome (Downloads). Então, quando eu conecto a unidade externa novamente, vejo duas pastas com o mesmo nome! Todos os meus arquivos estavam em um deles (alegria!), Mas não entendo o que está acontecendo.
Alguma ideia?
Estou usando o Vista x64 com o NTFS.
Provavelmente, quando você desconectou a unidade externa, ela também desconectou a pasta na qual você está contido.
Este é apenas o meu palpite sobre o que está acontecendo.