O FastCopy tem uma opção que deixa de fora as pastas vazias
Por padrão, esta opção está marcada. Portanto, se o trabalho de cópia também tiver os filtros marcados, as pastas vazias não serão copiadas. Para resolver isso, basta desmarcar a opção e aplicar.
Mais informações podem ser encontradas em Configurações > Copiar / Mover opções no a página oficial do FastCopy