Você pode fazer isso usando fallocate --dig-holes
dada uma versão recente do util-linux.
Como alternativa, cp --sparse=always
criará um arquivo esparso como o destino da cópia (você poderá movê-lo sobre o original).
Arquivos esparsos podem ser arquivados usando a opção tar -S
ou tar --sparse
no GNU tar; por exemplo. tar -czSf foo.tar.gz foo
se você também quiser compactação ou tar -cSf foo.tar foo
se não quiser.