Você será mais seguro e obterá melhor comportamento do sistema se colocar um ventilador em cada conector, em vez de usar um cabo em Y. Existem duas razões para isso:
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Muitos conectores de ventilador são projetados para fornecer uma quantidade fixa de energia e, na maioria das placas-mãe, isso é suficiente para alimentar um ventilador com uma margem de segurança razoável. Tentar executar mais de um ventilador de um conector corre o risco de ter ambos funcionando devagar (porque eles não estão recebendo energia suficiente), ou consumindo muita energia e causando problemas elétricos (incluindo ser um incêndio).
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O firmware (ou o sistema operacional, ou o chip do sensor de hardware, depende da plataforma) faz a leitura da velocidade do ventilador sobre um dos fios (mesmo nos ventiladores de 3 pinos) e usa isso para regular o velocidade do ventilador (usando PWM com as ventoinhas de 4 pinos, ou apenas redimensionando a tensão com as de 3 pinos). Quando você usa um cabo Y para conectar dois ventiladores a um conector, você acaba estragando o sinal do tacômetro e corre o risco de superaquecer porque os ventiladores estão funcionando muito devagar, ou sendo muito barulhentos porque eles estão funcionando mais rápido do que necessário. Isso geralmente não é um problema para os fãs do case (eles geralmente não são regulamentados), mas é um problema sério para os fãs da CPU (eles são quase sempre regulados por velocidade.