Você pode refazer os quadros antes de aplicar o filtro:
ffmpeg -i IMG_%3d.jpg -vf "setpts=N/0.5/TB,framerate=fps=25" -codec:v mpeg4 out.mp4
Update : O filtro de framerate parece estar vinculado à taxa de quadros de entrada na entrada, portanto, um método alt usando pipes
ffmpeg -framerate 0.5 -i IMG_%3d.jpg -vf fps=2 -f nut - | ffmpeg -f nut -i - -vf framerate=25 -c:v mpeg4 out.mp4
Uma solução alternativa de linha única:
ffmpeg -i IMG_%3d.jpg -vf zoompan=z=1:d=4:s=WxH:fps=2,framerate=25 -c:v mpeg4 out.mp4
onde W e H são substituídos pelas dimensões de entrada.