Eu não tenho reputação suficiente para comentar, então vou ter que perguntar aqui: você pode esclarecer sua pergunta?
É "não consigo formatar uma partição específica" ou "Você pode me dizer como instalar o Windows em uma unidade externa conectada por USB"?
Se você não puder formatar durante a instalação do Windows, sim, basta conectar a unidade em outro computador e formatar a partição a partir daí. Eu estou supondo que desde que você colocará aquela unidade de volta em uma máquina antiga, você não estará usando UEFI para inicializar, assim você precisará ter certeza de que ela está sendo formatada como MBR, não GPT.
Outra maneira de formatar esse disco seria criar um pendrive linux inicializável e usar o formato do seu disco de lá. Eu aconselho tentar primeiro a rota do Windows, já que você provavelmente não tem experiência em Linux.
Após a formatação, retorne o HD ao seu próprio sistema e prossiga como uma instalação normal, usando uma unidade de CD, pendrive ou qualquer outro meio que você esteja usando para carregar o instalador do Windows. Basta pular a oferta para formatar a unidade (novamente) quando chegar a hora.
Agora, se você desejar instalar o Windows em um disco rígido externo - e realmente quero dizer externo aqui, essas unidades que têm um gabinete e estão conectadas por USB, não um HD regular vindo temporariamente de outro sistema - assim você terá um Windows portátil e, em seguida, poderá usar o WinToUSB . Vou escrever um guia rápido apontando você na direção certa, se for o caso.
Você também pode usá-lo para instalar o Windows em um HD normal vindo de outro sistema, mas isso exigirá mais trabalho do que apenas instalar o SO da maneira normal depois de formatar o disco, e pode não funcionar em instalações do Windows XP / Server 2003 , então deixe-me saber se você deseja tentar esta rota.