Você precisa definir mailnews.nav_crosses_folders como 0 para remover a confirmação do pop-up.
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Para acessar o editor de configuração, vá para Editar > Preferências, selecione o painel Avançado, selecione a guia Geral e clique em Editor de Configuração….
Na primeira vez que fizer isso, você receberá um aviso dizendo para ser cuidadoso.
Digite "mailnews.nav_crosses_folders" no campo de pesquisa e defina o valor como 0.