Várias atualizações do Windows 10 causaram diferentes problemas com atalhos, além do que você mencionou:
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Os atalhos foram restritos a trabalhar apenas em pastas específicas.
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Atalhos de teclado definidos para atalhos .lnk podem não funcionar mais.
Ferramentas de terceiros, como Classic Shell e alternativas permitem que os links sejam colocados em outras pastas ou configurados no ambiente do shell.
Mover os arquivos .lnk para fora das pastas gerenciadas pela Microsoft durante as atualizações do Windows deve, esperançosamente, proteger os links da desconfiguração.
Outras ferramentas, como Clavier + e alternativas complementam os atalhos teclado . O Clavier +, por exemplo, mantém suas configurações em um arquivo .ini e também permite exportar e importar configurações, simplificando o reparo ou a configuração de um novo sistema. Links (incluindo parâmetros de linha de comando passados) podem ser testados à medida que são inseridos.