Você pode testar o arquivo: cat file.mxf | ffmpeg -f mxf -i - out.mp4
Mas, em geral, o ffmpeg não possui uma rotina genérica para ler o arquivo. O ffmpeg primeiro identifica o formato da entrada com base em uma análise e, em seguida, depende de um módulo específico do formato (o demuxer) para analisá-lo. Se alguma rotina nesse demuxer procura os dados que estão no final, mas vai para lá.
Um segundo método é usar o protocolo de subarquivo. Isso permite que você apresente um arquivo restrito ao ffmpeg, ou seja, você pode especificar onde o 'início' e 'fim' do arquivo deve ser, por exemplo,
ffmpeg -i "subfile,,start,183241728,end,366490624,,:file.mxf"
Isso diz ao ffmpeg para extrair o segmento, começando no deslocamento de byte do arquivo 183241728
e terminando no deslocamento 366490624
como entrada.