Configurações > Preferências - > Novos documentos - > Formato, Você quer que o rádio unix / osx seja verificado
Para alterar os documentos existentes que você pode usar substituir no menu de pesquisa, o termo de localização seria "\ r \ n" e substitua por "\ n". Verifique se o modo de pesquisa está definido como estendido na caixa inferior esquerda do substitua a janela.