A sintaxe básica é
ffmpeg -f concat -safe 0 -i mylist.txt -vf trim=13:58 OUTPUT
Além disso, cada vídeo deve ter seus próprios filtros.
Não é possível, como tal. Você não pode endereçar diretamente os elementos concat individualmente.
Mas, se você souber a duração de cada vídeo, poderá empregar filtros de trim para 'dividir' sua entrada em constituintes individuais e, em seguida, aplicar filtros a esses fluxos filhos. No entanto, essa é uma maneira complicada e ineficiente de fazer isso. Melhor processar cada vídeo individualmente.