O conceito de que você está faltando é que no Mac OS o fechamento de uma janela não leva, por padrão, a fechar o aplicativo também. Por exemplo, eu poderia abrir dois projetos no Xcode ao mesmo tempo e, depois de terminar um deles, posso fechar a janela, mas o aplicativo em si ainda estaria em execução.
Então, Cmd + w fecha a janela w ativa, e Cmd + q q usa o aplicativo.