Solução (da pergunta original):
...copied jre folder from old PhpStorm in external directory and configured new version of the IDE with this jre.
No PhpStorm 2016.3, nas fontes do Ubuntu no IDE, a renderização perfeita, mas na nova versão 2017.1, agora está novamente com uma aparência ruim.
Como faço com que as fontes pareçam boas de novo?
Solução para mim: Copiei a pasta jre do antigo PhpStorm no diretório externo e configurei a nova versão do Ide com este jre.