Pessoalmente, não encontrei nenhuma maneira de fazer com que 'tmutil restore' substituísse automaticamente arquivos e diretórios. Parece que a resposta é não.
No entanto, você pode facilmente fazer o script desse comportamento usando 'tmutil compare'. Ele gera as diferenças entre seus arquivos atuais e um backup específico em um formato facilmente formatado e facilmente analisado. Você poderia fazer algo como:
pathList = parseCompareResult('tmutil compare')
for path in pathList:
rm -rf path
tmutil restore path