Há uma solução que pode ajudá-lo. Como você deu permissão total a esse aplicativo, tenho medo de não poder restringir o acesso do aplicativo.
A única maneira possível é transformar essas permissões de arquivo / pasta em apenas root.so, quando você quiser trabalhar com elas, pode fazê-lo transformando-se em um usuário root e seu programa não pode acessar os arquivos raiz / pastas, a menos que você tenha dado permissões suficientes para isso.
Espero que ajude.