Concordo com @DanielB :
o arquivo provavelmente foi corrompido quando você fez o upload,
então a cópia no servidor FTP está corrompida,
e não há nada que você possa fazer para corrigir isso.
(Bem, pode ser possível , mas não será fácil.)
Como @SpiderPig sugere , se você ainda tiver o arquivo original,
você deve fazer o upload novamente (usando binary
mode).
Se você ainda não tem, recrie-o (se puder),
restaurá-lo a partir de um backup (se puder),
ou obter outra cópia do lugar onde você obteve o arquivo originalmente.
P.S. Você diz "O .exe
parece idêntico após o download".
Você tentou acessar cmd
e executar dir
?
Espero que o novo arquivo e o arquivo antigo tenham tamanhos diferentes.
(A diferença provavelmente será pequena, como 1%.)