Você deve obter a ferramenta "Process Monitor" da Sysinternals. Com alguns filtros configurados, você pode filtrar qualquer coisa não relacionada e apenas procurar os acessos em seu disco rígido que não deseja ativar.
Atualmente estou tendo o mesmo problema, com a Atualização do Windows 10 Creator deste mês, que ficou ainda pior. Talvez uma vez por hora ou a cada duas horas, meus outros HDDs sejam girados, sem motivo aparente. O tempo limite de HDD está definido para 20 minutos, mas isso não significa muito se eles retornarem aleatoriamente mais tarde!
Eu terei que fazer o mesmo e verificar com o Process Monitor o que realmente causa isso. É mais provável que algo dentro do Windows como o svchost, que será difícil de evitar.