Não, o apt-get clean não prejudicará seu sistema. Os pacotes .deb em / var / cache / apt / archives são usados pelo sistema para instalar o software. Mas assim que o software é instalado, esses pacotes .deb não são mais necessários. Você precisará desses arquivos .deb apenas durante a reinstalação do software. Caso você não precise reinstalar, remova esses arquivos .deb usando apt-get clean.