Usando Nirsoft LastActivityView (um programa muito assustador BTW), eu pude descobrir quais arquivos e pastas eu acessava recentemente. Uma vez que os relaciona por data e hora, foi possível ignorar as coisas que fiz após o problema de inicialização (por exemplo, hoje no meu caso). A classificação por caminho completo também foi útil.
Pesquisando as pastas e arquivos nas novas letras de unidade, consegui criar um mapeamento para todas as cinco letras de unidade.
Entrei então no gerenciamento de disco e reatribui as letras da unidade.