Não há como "bloquear" arquivos ou impedi-los de modificação de usuários com permissões para isso.
Contanto que o usuário tenha permissões do sistema de arquivos ( write
permissões, para ser exato) para excluir um arquivo, elas poderão excluí-lo. Você precisará utilizar usuários e permissões de arquivo para evitar que alguém exclua arquivos.
Especificamente, observarei os seguintes comandos:
chmod
chown
chgrp
adduser
passwd