Instalar o git no WSL e instalar o git no windows é diferente. Não haverá nenhum conflito. As variáveis de ambiente do WSL e do Windows são separadas. As alterações feitas no env no WSL não afetam o env no Windows. Ambas as versões do git são quase iguais, então não há comparação em relação a isso. Você pode definitivamente executá-los simultaneamente no sistema e nunca criará nenhum conflito. Ambos funcionam bem.