O Windows não entende uma instalação simultânea do Windows. Portanto, a seção de registro está localizada em% WINDIR%, que ao inicializar a partir de C: \ está localizado em C e D: \ quando inicializado a partir de D.
Dito isto, também enfrentei o mesmo problema que você e encontrei uma maneira muito boa de neutralizar isso.
Se você usa o Steam e instala jogos por meio dele uma vez na pasta steam, em uma nova instalação do Windows, você só precisa instalar o Steam para recuperar seus jogos.
Para aplicativos, eu uso versões portáteis do aplicativo. Eles não exigem instalação e suas configurações viajam com o programa. Apenas certifique-se de que ambos estejam localizados em sua unidade D, e a única coisa que você deve fazer após a reinstalação é personalizar as janelas para seus gostos. Isso pode ser feito pelas exportações do registro depois de você tê-las feito e pelo lançamento desse arquivo reg.
A beleza dessa configuração é que os programas continuarão funcionando após a atualização para uma nova instalação do Windows, e somente a parte de personalização pode precisar de ajustes. A desvantagem é que um programa portátil não pode atualizar-se normalmente e requer atualizá-lo manualmente baixando uma nova versão desse programa portátil.
Se houver alguns programas que você realmente deseja manter atualizados, veja se eles vêm através de um instalador Ninite ou PatchMyPC. Dessa forma, apenas um arquivo exe instala todos os seus programas.