O mais fácil é usar o robocopy com os argumentos certos. Robocopy é um programa de cópia robusto onde você pode especificamente dizer como copiar os arquivos. Isso serviria para você como:
robocopy c:/source c:/destination /e
O parâmetro "/ e" diz para copiar todas as subpastas e arquivos. Como não há especificação de como copiar, ele copia apenas os arquivos, sem permissões ou atributos.
Para copiar um único arquivo:
robocopy c:/source c:/destination file.exe
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