Você provavelmente configurou d como um atalho de teclado para algo. O culpado mais provável será um atalho configurado em Preferences => Shortcuts de gnome-terminal . Certifique-se de não ter definido D para algo lá.
Se você estiver usando xbindkeys , dê uma olhada em ~/.xbindkyesrc e remova a entrada incorreta. Como alternativa, verifique as configurações de atalho de teclado do seu ambiente de desktop e veja se você configurou algo lá (mas duvido que isso possa causar o problema que você descreve).
Outra possibilidade é que você tenha um comando bind nos arquivos ~/.profile ou ~/.bashrc (ou qualquer outro arquivo de instalação do shell) que desabilita o d . Para testar isso, tente
grep --color -H bind ~/.bashrc ~/.profile ~/.bash_profile ~/bash.login \
~/.bash_aliases /etc/bash.bashrc /etc/profile \
/etc/profile.d/* /etc/environment 2> /dev/null
Se houver tal comando, isso deve mostrar isso.
Por fim, como uma solução temporária, basta adicionar essa linha ao seu ~/.profile (e não ao ~/.bashrc ):
bind d:self-insert