Você não menciona para qual formato de contêiner deseja esse recurso, pois alguns não permitem tags personalizadas.
O Mxer Matroska do FFmpeg permite tags aleatórias, então
ffmpeg -i input -c copy
-metadata key1=value1
-metadata:s:v key2=value2
-metadata:s:a:0 key3=value3
out.mkv
As primeiras opções de metadados definem um valor global, o segundo é aplicado a todos os fluxos de vídeo e o terceiro ao primeiro fluxo de áudio apenas.
Mediainfo e ffprobe podem mostrar esses valores.