Para sua primeira pergunta : o MBR está limitado a 2,2 TB. É muito provável que você ache que está usando todos os 3 TB, mas não o é, OU acha que é MBR quando na verdade é um disco GPT. Eu iria verifique o Gerenciamento de Disco , que conta a história completa.
Para sua segunda pergunta : as partições do disco rígido não têm nada a ver com BIOS / UEFI e mais com o sistema operacional. Você pode usar uma unidade particionada da GPT em um BIOS (sistema não-UEFI), desde que o sistema operacional a suporte, no entanto, um sistema UEFI deve usar o GPT.