Para desativá-lo, você chama systemctl disable <service> . Sem argumentos, systemctl exibe o estado atual, o que obviamente não é possível em um chroot.
Alternativamente, você também pode ir para /etc/systemd/system/ e remover o symlink para o seu serviço (provavelmente na pasta multi-user.target.wants ).
Se for um serviço ativado por padrão, você precisará criar um link simbólico (denominado <service>.service ) para /dev/null para desativá-lo. Onde o link simbólico precisa estar depende de onde em /lib/systemd/system o serviço está habilitado.