O uWSGI usa o protocolo uwsgi (que, de alguma forma, está relacionado à interface WSGI, mas eu não sei como), enquanto FastCGI & fgcid use o protocolo FastCGI .
O tradicional "CGI" não tinha muito protocolo - o servidor criava (fork + exec) o script CGI com cabeçalhos de solicitação HTTP em variáveis de ambiente (por exemplo, $ HTTP_REFERER), e o script imprimia um resposta HTTP bruta para stdout.